W Państwowym Gospodarstwie Wodnym Wody Polskie na wszystkich szczeblach struktury działają trzy podstawowe piony merytoryczne:

• Pion ochrony przed powodzią i suszą,
• Pion usług wodnych,
• Pion zarządzania środowiskiem wodnym.

Pion ochrony przed powodzią i suszą zajmuje się wszystkimi sprawami związanymi z tymi zjawiskami: planowaniem, przygotowaniem projektów i realizacją inwestycji oraz utrzymaniem i eksploatacją obiektów hydrotechnicznych. Pion prowadzi też sprawy związane z zapewnieniem wody na potrzeby rolnictwa oraz sprawy związane z monitorowaniem sytuacji hydrologiczno-meteorologicznej i sytuacjami kryzysowymi. 

Zakres zadań pionu ochrony przed powodzią i suszą obejmuje w szczególności: 

1. realizację zadań wynikających z dyrektywy 2007/60/WE w sprawie oceny ryzyka powodziowego i zarządzania nim (dyrektywa powodziowa), w tym przygotowanie projektu wstępnej oceny ryzyka powodziowego i jej aktualizacji; map zagrożenia powodziowego oraz map ryzyka powodziowego i ich aktualizacji; projektu planów zarządzania ryzykiem powodziowym i ich aktualizacji;

2. realizację zadań związanych z wdrażaniem dyrektywy 2000/60/WE Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 23 października 2000 r. ustanawiającej ramy wspólnotowego działania w dziedzinie polityki wodnej (ramowa dyrektywa wodna), w tym przygotowanie projektu planu przeciwdziałania skutkom suszy i jego aktualizacji;

3. programowanie, planowanie i realizacje inwestycji w zakresie działania pionu, a także współudział w realizacjach inwestycji z pozostałych pionów;

4. opracowywanie i opiniowanie dokumentacji oraz dokonywanie niezbędnych uzgodnień w ramach realizacji inwestycji;

5. pełnienie funkcji inwestora w zakresie realizacji inwestycji;

6. prowadzenie analizy w zakresie utrzymania wód i urządzeń wodnych, w tym także przygotowywanie planów utrzymania wód;

7. utrzymanie wód oraz eksploatację i utrzymanie urządzeń wodnych;

8. prowadzenie postępowań administracyjnych w sprawach:

a) o wydanie decyzji administracyjnych uzgadniających projekty strategii rozwoju województwa, planu zagospodarowania przestrzennego województwa, ramowego studium uwarunkowań i kierunków zagospodarowania przestrzennego związku metropolitalnego, studium uwarunkowań i kierunków zagospodarowania przestrzennego gminy, miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego, gminnego programu rewitalizacji, decyzji o warunkach zabudowy, decyzji o ustaleniu lokalizacji inwestycji celu publicznego, decyzji o ustaleniu lokalizacji linii kolejowej, w zakresie dotyczącym zabudowy i zagospodarowania terenu położonego na obszarach szczególnego zagrożenia powodzią,

b) o wydanie decyzji zwalniających od zakazów obowiązujących na obszarach szczególnego zagrożenia powodzią,

c) o wydanie decyzji nakazujących usunięcie drzew lub krzewów na obszarach szczególnego zagrożenia powodzią, z wałów przeciwpowodziowych oraz w odległości mniejszej niż 3 m od stopy wału,

d) o wydanie decyzji zwalniających od zakazów określonych w celu zapewnienia szczelności i stabilności wałów przeciwpowodziowych; 

 
9. prowadzenie spraw związanych z bezpieczeństwem budowli piętrzących, w tym koordynacja działań dotyczących finansowania państwowej służby ds. bezpieczeństwa budowli piętrzących;

10. prowadzenie zimowej osłony przeciwpowodziowej;

11. nadzór nad monitoringiem sytuacji hydrologiczno-meteorologicznej;

12. sterowanie zbiornikami wodnymi na potrzeby ochrony przed powodzią i suszą;

13. prognozowanie przejścia fali powodziowej w zakresie dostępnych środków technicznych;

14. współpraca w działaniach w sytuacjach kryzysowych związanych z zarządzaniem ryzykiem powodziowym na potrzeby Wód Polskich;

15. prowadzenie spraw związanych z turystycznym wykorzystywaniem wód, w tym z drogami wodnymi administrowanymi przez Wody Polskie.

Pion usług wodnych zajmuje się wszystkimi sprawami związanymi z użytkownikami wód, przede wszystkim wydawaniem zgód wodnoprawnych, naliczaniem opłat za usługi wodne, kontrolą gospodarowania wodami, współpracą z różnymi użytkownikami wód, m.in. w sprawach dotyczących żeglugi śródlądowej, energetyki, przemysłu, turystyki i rekreacja.

Zakres zadań pionu usług wodnych obejmuje w szczególności:

1. prowadzenie postępowań administracyjnych w sprawach dotyczących udzielania zgód wodnoprawnych, w tym przyjmowania zgłoszeń wodnoprawnych, wydawanie pozwoleń wodnoprawnych, z wyłączeniem postępowań w sprawach, w których właściwe są inne piony;

2. prowadzenie i obsługę spraw związanych z instrumentami ekonomicznymi służącymi gospodarowaniu wodami, w tym z:

a) opłatami za usług wodne,

b) opłatami podwyższonymi,

c) należnościami za korzystanie ze śródlądowych dróg wodnych i ich odcinków oraz urządzeń wodnych stanowiących własność Skarbu Państwa, usytuowanych na śródlądowych wodach powierzchniowych,

d) opłatami za legalizację urządzeń wodnych,

e) opłatami rocznymi za oddawanie w użytkowanie gruntów pokrytych wodami stanowiących własność Skarbu Państwa,

f)  wpływami z tytułu rozporządzaniami nieruchomościami niebędącymi gruntami pokrytymi wodami stanowiącymi własność Skarbu Państwa,

g) opłatami rocznymi za oddanie w użytkowanie obwodów rybackich,

h) opłatami za wydanie zezwolenia na uprawianie amatorskiego połowy ryb;

3. wykonywanie kontroli gospodarowania wodami

4. prowadzenie spraw związanych z oddaniem w użytkowanie wód i gruntów pokrytych wodami oraz dysponowanie pozostałymi nieruchomościami;

5. współpracę z właściwymi organami w zakresie śródlądowych dróg wodnych o szczególnym znaczeniu transportowym;

6. prowadzenie spraw związanych z turystycznym wykorzystywaniem wód, w tym z drogami wodnymi administrowanymi przez Wody Polskie;

7. prowadzenie spraw dotyczących gospodarki rybackiej;

8. prowadzenie spraw związanych z hydroenergetyką, w zakresie elektrowni wodnych stanowiących własność Skarbu Państwa i innych podmiotów;

9. prowadzenie działalności gospodarczej w ramach Wód Polskich;

10. bieżącą współpracę z użytkownikami wód, w tym z: zakładami, jednostkami samorządu terytorialnego, podmiotami korzystającymi z usług wodnych, spółkami wodnymi;

11. prowadzenie szkoleń dla użytkowników wód.

Pion zarządzania środowiskiem wodnym zajmuje się sprawami związanymi przede wszystkim z wdrażaniem dyrektyw unijnych, takich jak tzw. Ramowa Dyrektywa Wodna, dyrektywa w zakresie ochrony wód morskich, dyrektywa w zakresie oczyszczania ścieków komunalnych czy Dyrektywa Azotanowa. Ponadto pion prowadzi sprawy związane z obszarami chronionymi, takimi jak NATURA 2000. Również w tym pionie prowadzony jest System Informatyczny Gospodarki Wodnej.

Zakres zadań pionu zarządzania środowiskiem wodnym obejmuje w szczególności:

1. realizację zadań związanych z wdrażaniem dyrektywy 2000/60/WE ustanawiającej ramy wspólnotowego działania w dziedzinie polityki wodnej (ramowa dyrektywa wodna), w tym przygotowanie projektów planów gospodarowania wodami na obszarach dorzeczy;

2. koordynację realizacji dyrektywy 91/271/EWG dotyczącej oczyszczania ścieków komunalnych (dyrektywa ściekowa) oraz uzgadnianie wyznaczania aglomeracji;

3. współpracę w zakresie monitoringu wód wymaganego przez ramową dyrektywę wodną oraz w zakresie oceny stanu jednolitych części wód, w tym z właściwymi organami realizującymi te zadania;

4. współpracę w realizacji zadań wynikających z dyrektywy 2008/56/WE ustanawiającej ramy działań wspólnoty w dziedzinie polityki środowiska morskiego (dyrektywa ramowa w sprawie strategii morskiej);

5. współpracę w zakresie dyrektywy 91/676/EWG dotycząca ochrony wód przed azotanami pochodzenia rolniczego (dyrektywa azotanowa);

6. prowadzenie postępowań w zakresie wydawania ocen wodnoprawnych;

7. prowadzenie spraw związanych z obszarami „Natura 2000^,,_/w tym także zarządzanie obszarami chronionymi oraz identyfikację ekosystemów zdegradowanych przez eksploatację zasobów wodnych i planowanie przedsięwzięć związanych z ich odbudową;

8. prowadzenie spraw związanych z zarządzaniem jednolitymi częściami wód powierzchniowych i jednolitymi częściami wód podziemnych, w tym koordynację i realizację zadań mających służyć osiągnięciu wskazanych celów;

9. prowadzenie spraw z zakresu opiniowania i realizacji zamierzeń dotyczących ochrony przyrodniczych walorów środowiska wodnego;

10. planowanie i analizę przedsięwzięć związanych z odbudową ekosystemów zdegradowanych przez eksploatację zasobów wodnych;

11. weryfikację wpływu istniejących urządzeń wodnych i udzielonych zgód wodnoprawnych na warunki bytowania i wędrówki gatunków zwierząt wodnych;

12. sporządzanie wykazu inwestycji oraz działań, które mogą spowodować nieosiągnięcie dobrego stanu wód lub pogorszenie dobrego stanu wód;

13. współpracę z innymi pionami w zakresie uwarunkowań przyrodniczych podejmowanych przedsięwzięć;

14. opracowywanie i opiniowanie ocen oddziaływania na środowisko i współpracę w tym zakresie z właściwymi podmiotami;

15. współpracę z organami ochrony środowiska;

16. prowadzenie dialogu z organizacjami pozarządowymi, w tym z organizacjami wędkarskimi;

17. koordynację działań państwowej służby hydrogeologicznej (PSH) oraz państwowej służby hydrologiczno-meteorologicznej (PSHM);

18. prowadzenie Systemu Informacyjnego Gospodarowania Wodami (SIGW);

19. prowadzenie inwestycji w zakresie działania pionu.